1、不太看得清啊第一张。

1、不太看得清啊第一张。

1、【vim命令-启动vimtutor】：执行命令：vimtutor。vimtutor是vim使用入门教程。25到30分钟就可以入门。。

2、【vim命令-移动光标】：h的鍵位于左邊，每次按下就會向左移動。l的鍵位于右邊，每次按下就會向右移動。 j鍵看起來很象一支方向朝下的箭頭。k朝上移动。。

3、【vim命令-启动和退出】：請按鍵(這是為了確保您處在正常模式)。:q!不保存退出。:wq 保存并退出。。

4、【vim命令-编辑删除】：按x鍵來刪除光標所在位置的字符。。

5、【vim命令-编辑插入】：按下i鍵來插入文本。。

6、【vim命令-小结1】：光標在屏幕文本中的移動既可以用箭頭鍵，也可以使用hjkl字母鍵。h(左移)j(下行)   k(上行)  l(右移) 欲進入vim編輯器(從命令行提示符)，請輸入︰vim文件名 欲退出vim編輯器，請輸入以下命令放棄所有修改︰ :q!   或者輸入以下命令保存所有修改︰ :wq 在正常模式下刪除光標所在位置的字符，請按︰x 在正常模式下要在光標所在位置開始插入文本，請按︰i  輸入必要文本。

7、【vim命令-删除类命令】：輸入dw可以從光標處刪除至一個單字/單詞的末尾。。

8、【vim命令-其他删除命令】：輸入d$從當前光標刪除到行末。。

9、【vim命令-关于命令和对象】：刪除命令d的格式如下︰[number] dobject  或者  d[number] object 其意如下︰  number-代表執行命令的次數(可選項，缺省設置為1)。  d-代表刪除。  object-代表命令所要操作的對象(下面有相關介紹)。 一個簡短的對象列表︰  w-從當前光標當前位置直到單字/單詞末尾，包括空格。  e-從當前光標當前位置直到單字/單詞末尾，但是*不*包括空格。  $-從當前光標當前位置直到當前行末。。

10、【vim命令-对象命令的特殊对象】：輸入dd可以刪除整一個當前行。。

11、【vim命令-撤销命令】：輸入u來撤消後執行的命令，輸入U來修正整行。。

12、【vim命令-小结2】：欲從當前光標刪除至單字/單詞末尾，請輸入︰dw 欲從當前光標刪除至當前行末尾，請輸入︰d$ 欲刪除整行，請輸入︰dd 在正常模式下一個命令的格式是︰    [number] command object  或者  command[number] object   其意是︰    number-代表的是命令執行的次數    command-代表要做的事情，比如d代表刪除    object-代表要操作的對象，比如w代表單字/單詞，$代表到行末等等。$(totheendofline),etc. 欲撤消以前的操作，請輸入︰u(小寫的u)   欲撤消在一行中所做的改動，請輸入︰U(大寫的U)   欲撤消以前的撤消命令，恢復以前的操作結果，請輸入︰CTRL-R。

13、【vim命令-置入类米命令】：輸入p將後一次刪除的內容置入光標之後。。

14、【vim命令-替换类命令】：輸入r和一個字符替換光標所在位置的字符。。

15、【vim命令-更改类命令】：要改變一個單字/單詞的部分或者全部，請輸入cw。。

16、【vim命令-c指令】：更改類指令的工作方式跟刪除類命令是一致的。操作格式是︰    [number] c object 或者  c[number] object 對象參數也是一樣的，比如w代表單字/單詞，$代表行末等等。 請將光標移動到本節中下面標記有--->的第一行。 接著將光標移動到第一個錯誤處。 然後輸入c$使得該行剩下的部分更正得同第二行一樣。後按鍵。。

17、【vim命令-小结3】：要重新置入已經刪除的文本內容，請輸入小寫字母p。該操作可以將已刪除   的文本內容置于光標之後。如果後一次刪除的是一個整行，那麼該行將置   于當前光標所在行的下一行。 要替換光標所在位置的字符，請輸入小寫的r和要替換掉原位置字符的新字   符即可。 更改類命令允許您改變指定的對象，從當前光標所在位置直到對象的末尾。   比如輸入cw可以替換當前光標到單詞的末尾的內容；輸入c$可以替換當   前光標到行末的內容。 更改類命令的格式是︰[number] cobject   或者c [number] object。

18、【vim命令-定位】：輸入CTRL-g顯示當前編輯文件中當前光標所在行位置以及文件狀態信息。   輸入SHIFT-G則直接跳轉到文件中的某一指定行。。

19、【vim命令-搜索】：輸入/以及尾隨的字符串可以用以在當前文件中查找該字符串。。

20、【vim命令-匹配括号】：按%可以查找配對的括號)、]、}。。

21、【vim命令-修正错误】：輸入:s/old/new/g可以替換old為new。。

22、【vim命令-小结4】： Ctrl-g用于顯示當前光標所在位置和文件狀態信息。Shift-G用于將光標跳   轉至文件後一行。先敲入一個行號然後按Shift-G則是將光標移動至該行   號代表的行。 輸入/然後緊隨一個字符串是則是在當前所編輯的文檔中向後查找該字符串。   輸入問號?然後緊隨一個字符串是則是在當前所編輯的文檔中向前查找該字   符串。完成一次查找之後按n鍵則是重復上一次的命令，可在同一方向上查   找下一個字符串所在；或者按Shift-N向相反方向查找下該字符串所在。 如果光標當前位置是括號(、)、[、]、{、}，按%可以將光標移動到配對的   括號上。 在一行內替換頭一個字符串old為新的字符串new，請輸入 :s/old/new   在一行內替換所有的字符串old為新的字符串new，請輸入 :s/old/new/g   在兩行內替換所有的字符串old為新的字符串new，請輸入 :#,#s/old/new/g   在文件內替換所有的字符串old為新的字符串new，請輸入 :%s/old/new/g   進行全文替換時詢問用戶確認每個替換需添加c選項，請輸入:%s/old/new/gc。

23、【vim命令-执行外部命令】：輸入:!然後緊隨著輸入一個外部命令可以執行該外部命令。。

24、【vim命令-保存文件】：要將對文件的改動保存到文件中，請輸入:wFILENAME。

25、【vim命令-选择性保存】：要保存文件的部分內容，請輸入:#,#wFILENAME。

26、【vim命令-提取合并文件】：要向當前文件中插入另外的文件的內容，請輸入:rFILENAME。。

27、【vim命令-小结5】： :!command用于執行一個外部命令command。   請看一些實際例子︰:!dir- 用于顯示當前目錄的內容。:!rmFILENAME- 用于刪除名為FILENAME的文件。 :wFILENAME 可將當前VIM中正在編輯的文件保存到名為FILENAME   的文件中。 :#,#wFILENAME可將當前編輯文件第#行至第#行的內容保存到文件   FILENAME中。 :rFILENAME可提取磁盤文件FILENAME並將其插入到當前文件的光標位置   後面。

28、【vim命令-打开类命令】：輸入o將在光標的下方打開新的一行並進入插入模式。。

29、【vim命令-光标插入】：輸入a將可在光標之後插入文本。。

30、【vim命令-置换】：輸入大寫的R可連續替換多個字符。。

31、【vim命令-选项】：要查找單詞ignore可在正常模式下輸入/ignore。要重復查找該詞，可以   重復按n鍵。 然後設置ic選項(ic就是英文忽略大小寫IgnoreCase的首字母縮寫詞)，即   輸入︰:setic 現在可以通過鍵入n鍵再次查找單詞ignore。重復查找可以重復鍵入n鍵。 然後設置hlsearch和incsearch這兩個選項，輸入以下內容︰   :sethlsis 現在可以再次輸入查找命令，看看會有什麼效果︰   /ignore。

32、【vim命令-小结6】： 輸入小寫的o可以在光標下方打開新的一行並將光標置于新開的行首，進入   插入模式。   輸入大寫的O可以在光標上方打開新的一行並將光標置于新開的行首，進入   插入模式。 輸入小寫的a可以在光標所在位置之後插入文本。   輸入大寫的A可以在光標所在行的行末之後插入文本。 輸入大寫的R將進入替換模式，直至按鍵退出替換模式而進入正常   模式。 輸入:setxxx可以設置xxx選項。。

33、【vim命令-在线帮助】：Vim擁有一個細致全面的在線幫助系統。要啟動該幫助系統，請選擇如下三種方 法之一︰-按下鍵(如果鍵盤上有的話)-按下鍵(如果鍵盤上有的話)-輸入:help 輸入:q可以關閉幫助窗口。。

34、【vim命令-创建启动脚本】：Vim的功能特性要比vi多得多，但大部分功能都沒有缺省激活。為了啟動更多的 功能，您得創建一個vimrc文件。 開始編輯vimrc文件，這取決于您所使用的操作系統︰   :edit~/.vimrc這是Unix系統所使用的命令   :edit$VIM/_vimrc這是Windows系統所使用的命令 接著導入vimrc范例文件︰   :read$VIMRUNTIME/vimrc_example.vim 保存文件，命令為︰   :write。

35、^_^o~努力！对亲有帮助的请赞一下哦！。

1、关于举办“计算机辅助药物设计技术与应用实践”系列专题培训的通知各有关单位、近年来，利用高性能计算机来进行药物虚拟筛选已经被广泛应用，计算机辅助药物设计可以提高药物研发的成功率，降低研发成本，缩短研发周期，是目前创新药物研究的核心技术之一。

2、随着医药大数据的积累和人工智能技术的发展，运用AI技术并结合大数据的精准药物设计也不断推动着创新药物的发展。

3、在新型冠状病毒的调节方案中，通过一系列计算机辅助药物生物计算的方法发现一大类药物分子可以有效阻止新冠病毒的侵染，为调节新冠提供了新思路。

4、应新老客户的培训需求，北京软研国际信息技术研究院特举办“计算机辅助药物设计技术与应用实践”系列专题培训班，本次培训由互动派(北京)教育科技有限公司具体承办，具体相关事宜通知如下、培训目录、专题CADD蛋白结构分析、虚拟筛选、分子对接(蛋白-蛋白、蛋白-多肽)详情2022年06月24日-06月26日在线直播(授课3天)2022年07月01日-07月03日在线直播(授课3天)专题AMBER分子动力学能量优化与分析、结合自由能计算专题内容详情2022年07月02日-07月05日在线直播(授课4天)专题AIDD人工智能(浅层学习与深度学习)药物发现内容详情2022年06月24日-06月26日在线直播(授课3天)2022年07月02日-07月03日在线直播(授课2天)培训特色、本次系列课程共三个专题，均采用在线直播的形式，提供软件操作及算例教学无限次回放视频，建立永不解散的课程群，长期互动答疑，学员学完后可以继续与专业老师同学交流问题，巩固学习内容，从而更好地满足学员不同方面的论文及实际科研工作需求。

5、专题一课程带您一步步实操学习蛋白结构分析、同源建模、虚拟筛选、分子对接(半柔性、柔性对接、蛋白-蛋白、蛋白-多肽、金属酶蛋白-配体、核酸-小分子、共价对接等)、药效团模型、定量构效关系、碎片化药物设计、Gromacs分子动力学模拟与结果分析，并以实例讲解与练习为主，达到即学即用效果，帮助学员系统性掌握计算机辅助药物设计技术，助力学术研究。

6、专题二课程从AMBER的安装运行开始，深入研究对象模型的获取与构建、能量优化、分子动力学模拟、轨迹特征获取、基于能量的相互作用机理分析等知识点，并对经典文献进行复现。

7、专题三课程通过机器学习、深度学习的分类回归任务、分子特征、模型评估、参数优化与模型选择、浅层学习分类的虚拟筛选、集成机器学习方法使用、DNN，GCN，GAT等主流深度学习模型实操以及结合相关课题的应用实践等内容，带您真正的进入人工智能药物发现的领域。

8、培训大纲、系列课程CADD蛋白结构分析、虚拟筛选、分子对接(蛋白-蛋白、蛋白-多肽)时间课程名称课程内容第一天上午生物分子互作基础生物分子互作用研究方法1蛋白-小分子、蛋白-蛋白相互作用原理2分子对接研究生物分子相互作用3蛋白蛋白对接研究分子相互作用蛋白数据库PDB数据库介绍1PDB蛋白数据库功能2PDB蛋白数据可获取资源3PDB蛋白数据库对药物研发的重要性PDB数据库的使用1靶点蛋白结构类型、数据解读及下载2靶点蛋白结构序列下载3靶点蛋白背景分析4相关数据资源获取途径4批量下载蛋白晶体结构第一天下午蛋白结构分析Pymol软件介绍1软件安装及初始设置2基本知识介绍(如氢键等)Pymol软件使用1蛋白小分子相互作用图解2蛋白蛋白相互作用图解3蛋白及小分子表面图、静电势表示4蛋白及小分子结构叠加及比对5绘相互作用力6Pymol动画制作实例讲解与练习、(1)尼洛替尼与靶点的相互作用，列出相互作用的氨基酸，并导出结合模式图(2)制作结合口袋表面图(3)Bcr/Abl靶点的PDB结构叠合(4)制作蛋白相互作用动画(5)针对ACE2和新冠病毒Spike的蛋白晶体复合物，制作蛋白-蛋白相互作用第二天上午同源建模同源建模原理介绍1同源建模的功能及使用场景2同源建模的方法Swiss-Model同源建模。

9、1同源蛋白的搜索(blast等方法)2蛋白序列比对3蛋白模板选择4蛋白模型搭建5模型评价(蛋白拉曼图)6蛋白模型优化佳模型结果Spike、Model_03实例讲解与练习、用2019-nCoVspike蛋白序列建模，根据相应参数和方法评价模型第二天下午小分子构建ChemDraw软件介绍1小分子结构构建2小分子理化性质(如分子量、clogP等)计算实例讲解与练习、分别构建大环、氨基酸、DNA、RNA等分子小分子化合物库小分子数据库1DrugBank、ZINC、ChEMBL等数据库介绍及使用2天然产物、中药成分数据库介绍及使用第三天上午生物分子相互作用Ⅰ分子对接基础1分子对接原理及对接软件介绍分子对接软件(Autodock)使用1半柔性对接1小分子配体优化准备2蛋白受体优化及坐标文件准备3蛋白受体格点计算4半柔性对接计算2对接结果评价1晶体结构构象进行对比2能量角度评价对接结果3聚类分析评价对接结果4优结合构象的选择5已知活性化合物对接结果比较PDB1IEP实例讲解与练习、激酶Bcr/Abl靶点抑制剂的半柔性对接第三天下午生物分子相互作用II3柔性对接1小分子配体优化准备2蛋白受体优化及坐标文件准备3蛋白受体格点计算4柔性对接计算及结果评价6半柔性对接与柔性对接比较与选择实例讲解与练习、Bcr/Abl靶点抑制剂的柔性对接虚拟筛选分子对接用于虚拟筛选(Autodock)1虚拟筛选定义、流程构建及演示2靶点蛋白选择、化合物库获取3虚拟筛选4结果分析(打分值、能量及相互作用分析)实例讲解与练习、Bcr/Abl靶点抑制剂的虚拟筛选小分子格式转换openbabel的介绍和使用1openbabel软件介绍2小分子结构类型3小分子结构类型转换答疑针对前三天学习问题的答疑第四天上午拓展对接使用场景(上)蛋白-蛋白大分子对接1蛋白-蛋白对接的应用场景2相关程序的介绍3受体和配体蛋白前期优化准备4载入受体和配体分子5蛋白蛋白相互作用对接位点设定6蛋白蛋白对接结果分析与解读实例讲解与练习、新冠病毒Spike蛋白及宿主蛋白ACE2的对接蛋白-多肽对接1蛋白-多肽相互作用简介2蛋白-多肽分子预处理3蛋白-多肽分子对接4对接结果展示与分析实例讲解与练习、新冠靶点3CL与多肽/类多肽抑制剂的对接含金属离子的蛋白靶点与小分子对接1金属酶蛋白-配体的相互作用介绍2相关蛋白及配体分子的收集与预处理3金属离子的处理与准备4金属辅酶蛋白-配体的对接5对接结果展示与分析实例讲解与练习、基质金属蛋白酶MMP及其抑制剂对接第四天下午拓展对接使用场景(下)小分子与小分子对接1小分子-小分子相互作用简介2小分子结构预处理3小分子-小分子对接4对接结果展示与分析实例讲解与练习、环糊精与药物小分子的对接核酸-小分子对接1核酸-小分子的应用场景2核酸-小分子相互作用简介3核酸-小分子的预处理4核酸-小分子对接5相关结果的展示与分析实例讲解与练习、DNAG-四链体和配体分子对接共价对接1共价对接的原理及应用场景2蛋白和共价结合配体的预处理3药物分子与靶蛋白的共价对接6相关结果的展示与分析实例讲解与练习、激酶靶点EGFR抑制剂的共价对接第五天上午基于碎片药物设计基于碎片药物设计1基于碎片的药物设计与发现2基于碎片化合物库构建1骨架替换2碎片连接3碎片生长3基于药效团的化合物库生成4基于蛋白结合口袋的化合物库生成5基于分子描述符的化合物库生成6基于BREED规则的化合物库构建生成小配体碎片库7基于碎片的化合物库筛选实例讲解与练习、基于片段的Bcr/Abl靶点抑制剂优化与改造第五天下午构效关系分析3D-QSAR模型构建(Sybyl软件)1小分子构建2创建小分子数据库3小分子加电荷及能量优化4分子活性构象确定及叠合5创建3D-QSAR模型6CoMFA和CoMSIA模型构建7测试集验证模型8模型参数分析9模型等势图分析103D-QSAR模型指导药物设计实例讲解与练习、激酶靶点Bcr/Abl抑制剂的构效关系模型构建与活性预测第六天全天分子动力学模拟分子动力学简介(GROMACS软件)1分子动力学基本原理2Linux系统介绍3分子动力学软件介绍(Gromacs)Gromacs进行分子动力学模拟1配体分子的处理2蛋白结构的处理3修改蛋白坐标文件4修改拓扑文件5构建盒子并放入溶剂6平衡系统电荷7能量小化8NVT平衡9NPT平衡10产出动力学模拟分子动力学结果分析1轨迹文件观察2能量数据作图3轨迹修正处理4回旋半径分析5计算蛋白构象的RMSD变化6计算原子位置的RMSF变化7蛋白配体构象聚类8蛋白配体相互作用氢键分析9蛋白配体相互作用能分析实例讲解与练习、(1)水中的溶菌酶纯蛋白模拟(2)T4溶菌酶及配体复合物模拟答疑针对后三天学习问题的答疑系列课程AMBER分子动力学能量优化与分析、结合自由能计算专题第一天时间课时内容主要知识点AM00~50分子动力学入门理/论教学目标、了解本方向内容、理论基础、研究意义。

10、1分子力学简介1分子力学的基本假设2分子力学的主要形式2分子力场1分子力场的简介2分子力场的原理3分子力场的分类及应用AM00~50LINUX入门教学目标、掌握数值计算平台，熟悉计算机语言，能够使用vim编辑器简单编辑文件。

11、3LINUX简介1用户属组及权限2目录文件属性3LINUX基础命令4LINUX环境变量5shell常用命令练习AM00~00PM00~50AMBER简介及安装教学目标、了解Amber软件历史发展，熟悉安装环境，支撑环境编译。

12、4AMBER简介和安装1GCC简介及安装2OpenMPI简介及安装3AMBER安装运行4LIUUX操作练习PM00~50PM00~00第二天时间课时内容主要知识点AM00~50研究对象模型获取教学目标、如何确立研究对象，熟悉蛋白数据库的使用，如何对研究对象建模。

13、5模型文件的预处理1模型来源简介2蛋白文件简介AM00~50研究对象模型构建教学目标、熟悉模型预处理流程,掌握输入文件的编写，能够独立完成体系动力学之前的准备工作。

14、6模型文件的预处理1蛋白预处理2小分子预处理AM00~003AMBER力场简介4拓扑文件、坐标文件简介5top、crd文件的生成6tleap模块的使用案例实践、ØHIV-1复合物的预处理PM00~50分子动力学模拟教学目标、分子动力学流程，AMBER软件动力学原则，完成分子动力学模拟的操作练习。

15、7能量优化、分子动力学模拟1能量优化意义以及方法2模拟温度调节意义及方法3溶剂模型分类及选择4动力学模拟输入文件的编写5运行分子动力学模拟6输出内容解读7练习答疑案例实践、ØHIV-1复合体系能量优化、分子动力学模拟PM00~50AM00~00第三天时间课时内容主要知识点AM00~50结合自由能计算教学目标、熟悉结合自由能计算的意义、MMPBSA方法以及流程。

16、8焓变计算1实验数据分析及检索2MM/PBSA结合自由能计算原理3GB模型讲解及分类4焓变输入文件的编写5焓变结果解读AM00~509熵变计算1Nmode计算熵变原理2熵变输入文件的编写3熵变结果解读4实验值与理论值对照分析案例实践、ØHIV-1与抑制剂之间结合自由能计算AM00~00PM00~50可视化软件教学目标、熟悉可视化软件获取渠道、软件安装以及基本使用，采用可视化软件辅助科研工作。

17、103D可视化分析1VMD安装和使用2Pymol安装和使用PM00~50基于分子动力学的轨迹特征获取教学目标、从动力学模拟出的构象出发，洞悉构象转变，解释实验想象，预测实验结果11构象分析1RMSD分析2B-Factory分析3RMSF分析AM00~004RG分析5VMD动画展示6距离角度测量7溶剂可及表面积(SASA)第四天时间课时内容主要知识点AM00~50基于能量的相互作用机理分析教学目标、从能量角度出发，分析分子间、残基间、重要基团间相互作用机理，对实验提供理论指导12能量分析1残基分解(相互作用分析)2丙氨酸扫描(寻找热点残基)3氢键网络(盐桥，pi-pi共轭等其它相互作用)4练习答疑AM00~50AM00~00PM00~50经典工作复现教学目标、引导初学者了解本方向中经典工作，复现工作中重要分析手段，加深同学对本方向的理解。

18、13经典文献工作复现(请同学在课前自行下载仔细阅读)1Nanoscale2020,12,7134−71(a)RMSD和2D_RMSD检验模拟的稳定性(b)结合自由能的对比与分析(c)热力学积分计算相对结合自由能(d)氢键网络分析(e)残基分解预测热点氨基酸2J.Chem.Inf.Model.2021,61,7,3529–3542(a)丙氨酸扫面预测热点氨基酸(b)残基接触(contact)分析(c)温度因子分析(B-facter)分析(d)溶剂可及表面积分析(e)伞状采样动力学再现解离机制3练习答疑PM00~50PM00~00部分案例图示、系列课程人工智能(浅层学习与深度学习)辅助药物发现专题培训时间课程内容课程内容第一天上午计算机辅助药物分子设计计算机辅助药物设计(CADD)简介CADD的基本方法1分子对接2药效团3QSAR和QSPR4各类药学研究数据库的介绍第一天下午Anaconda3的安装配置Anaconda1Pandas2NumPy3RDKit4scikit-learn5Pytorch6Tensorflow7DeepChem8XGBoost第二天上午AIDD简介——分类和回归任务分类模型的构建与应用1逻辑回归算法原理2朴素贝叶斯算法原理3k近邻算法原理4支持向量机算法原理5随机森林算法原理6梯度提升算法原理分子特征介绍1分子描述符2分子指纹3分子图第二天下午基于浅层机器学习的药物发现(目标、引导学员自行实现基于其他三种算法如KNN，SVM，XGBoost的毒性预测模型，并用于小分子化合物的毒性预测)模型评估方法1交叉验证2外部验证3分类模型的常用评价指标4混淆矩阵5准确率6敏感性7特异性参数优化与模型选择1超参数优化2模型选择的标准模型实例讲解与练习(文献复现)、Ø给定数据集为例，基于随机森林算法的CYPs抑制剂相关毒性预测模型的构建与使用第三天上午基于浅层学习的药物发现——回归任务回归模型的构建与应用回归模型的常用评价指标1MSE2MAE3R模型选择1超参数优化2优模型选择第三天下午实战作用Ø给定数据集为例，基于随机森林算法的pIC50值预测模型构建与使用第四天基于深度学习的药物发现深度学习的发展历程1深度学习在药物开发中的应用2DNN3GCN4GAT5KGCN6FP-GNN深度神经网络的常用框架介绍1PyTorch2TensorFlowDEEPCHEM介绍与使用模型实例讲解与练习(文献复现)、ØDEEPCHEM集成的机器学习方法和加载使用第五天使用DNN，GCN，GAT等主流深度学习模型进行实操实例讲解与练习(文献复现)、Ø给定数据集为例，使用DNN，GCN，GAT等主流深度学习模型进行小分子抗乳腺活性预测Ø乳腺预测的基本思路，逻辑和课题设计基于图模型的F1分数(A)。

19、基于图模型的AUC结果(B)。

20、基于分子图的不同亚型细胞的优模型(C)培训讲师、CADD专题讲师、由全国重点大学、国家“双”、“211工程”重点建设医药类高校副教授，硕士生导师讲授。

21、发表SCI研究论文20余篇，主持和参与、省部级自然科学基金项目多项。

22、拥有多年新药分子设计和开发经验，主要擅长CADD、AIDD等药物设计方法研究。

23、AMBER专题讲师、山东省重点高校特聘教授、省优青团队人员，研究团队在《J.Am.Chem.Soc.》、《Phys.Chem.Chem.Phys.》、《Nanoscale》、《J.Chem.Phys.》等国际知名期刊发表SCI论文50余篇。

24、其中以第一作者发表的两篇JACS属于本领域TOP期刊(一区论文，IF、612)。

25、主持国家自然科学基金及省部级课题多项。

26、主要从事生物分子量化计算和分子动力学模拟研究，在动力学模拟、量化计算、结合自由能计算等积累了丰富的经验。

27、AIDD专题讲师、由全国重点大学、国家“双”、“211工程”重点建设高校副教授,硕士生导师主讲。

28、近五年发表代表性论文10余篇，专利8项，软件著作8项，主持和参与、省部级自然科学基金项目10余项。

29、拥有多年抗癌药物分子设计合成及活性研究经验，主要擅长生物信息学、人工智能(深度学习)与数据挖掘等药物设计方法研究。

30、报名费用、课程名称公费价(元)自费价(元)CADD专题56005200AMBER专题39003500AIDD专题56005200费用提供用于报销的正规机打发票及盖有公章的纸质通知文件。

31、如需开具会议费的单位请联系招生老师要会议邀请函。

32、增值服务、凡报名学员将获得本次培训书本教材以便提前预习及随堂电子资料。

33、提供无限次回放视频、凡报名学员课程结束后可获得所学专题课程软件操作回放视频。

34、价格优惠、(优惠活动终解释权归主办方)优惠本次系列所有专题课程2022年6月6日前缴费均可享受400元优惠。

35、优惠报名两个及以上专题课程可享受额外优惠(具体请咨询招生联系人)学员提出的各自遇到的问题在课程结束后可以长期得到老师的解答与指导。

36、参加培训并通过考试的学员，可以获得、北京软研国际信息技术研究院培训中心颁发的《计算机辅助药物设计应用工程师》专业技能结业证书。

37、联系方式、官方联系人、毕老师报名微信、ym219888报名QQ、2638209875官方座机、010-56245524官方网址、http、//srit.ac.cn(注)开课前一周会务组统一通知。

38、开课前一天会将直播链接及上机账号发至您微信。

39、课程问答、问题课程是否适合小白/零基础的学员？对于初学者，因缺乏对药物设计专业软件计算技巧的掌握与深入理解，导致无从下手。

40、本次计算机辅助药物设计系列专题课程从初学者角度出发，贴合实际项目需求。

41、多个专题分别使用不同的专业软件工具讲授药物分子和蛋白的设计以及相互作用等多项专业技术知识，分别为满足学生不同的学习需求，配置各个实用热门案例实操，让你从计算机辅助药物设计小白到跟紧时代热点能够上场做计算的学术弄潮儿。

42、问题通过计算机辅助药物设计系列培训班我能学到什么？CADD课程共计6天，采用“理论+实操”模式，详细讲授PDB数据库使用、蛋白结构分析、同源建模、Autodock分子对接、虚拟筛选、蛋白-蛋白相互作用预测、构效关系分析、基于碎片药物设计等专业技术，另有专业实践案例一步步操作。

43、AMBER分子动力学课程课程共计4天，采用“理论+实操”模式，详细讲授AMBER软件安装运行、模型构建及力场文件生成、能量优化、溶剂模型、MM/PBSA结合自由能计算、3D可视化分析、构象分析、能量及相互作用分析等专业技术，另配合专业案例及经典文章案例复现。

44、AIDD课程共计5天，采用“理论+实操”模式，详细讲授机器学习、深度学习在药物发现和开发中的实战作用，以案例介绍为主，讲述DEEPCHEM集成的机器学习方法和加载使用。

45、实例讲解给定数据集为例，使用DNN，GCN，GAT等主流深度学习模型进行预测研究。

46、问题培训时遇到疑问，怎么办？课程采用边讲边练边答疑的模式，实战跟着老师一步一步操作，过程中通过班级微信群实时跟踪操作结果，遇到问题及时反馈、当堂解决，让你实战不出错！本次课程采用在线直播的形式，学习方式灵活。

47、课前建立专门答疑的班级微信群，学员在课前、课间、课后皆可与主讲老师随时沟通解答。

48、老师帮你抽丝剥茧，和你一起打开计算机辅助药物分子设计、筛选及发现先导化合物的大门！问题如何报名、缴费？致电专门负责行政招生的老师报名，联系方式见本文件“第七条”。

49、填写下方附件报名回执表发送到专门负责行政招生工作的老师。

50、缴费支持公对公转账、个人垫付(对公到账及时退还垫付费用，可开具垫付证明)往期参加学员单位(排名不分先后)清华大学北京中医药大学北京航空航天大学中国医科大学附属盛京医院中国医学科学院生物医学工程研究所同济大学复旦大学上海科技大学中国医学科学院药物研究所北京双鹭药业股份有限公司上海交通大学上海理工大学华东理工大学北京超维知药科技有限公司上海市同仁医院同济医院南开大学中国农业大学上海如凌生物医药有限公司上海美司玛生物科技有限公司苏州大学石河子大学中国科学技术大学明度智云(浙江)科技有限公司上海市第一妇婴保健院中国药科大学武汉轻工大学中国中医科学院四川源康盛科技有限公司江苏赛孚士生物技术有限公司延安大学上海海洋大学上海医药工业研究院山东轩竹医药科技有限公司云南壹杭农业发展有限公司华中科技大学浙江中医药大学解放军防化学院中国人民解放军海军军医大学宁波三生生物科技股份有限公司陆军军医大学大连大学深圳先进技术研究院湖南医药学院江苏苏中药业研究院有限公司南京工业大学海南大学扬州大学医学院荆楚理工学院中国农业科学院蜜蜂研究所郑州大学中国海洋大学军事医学研究院宁波诺丁汉大学武汉市景肽生物科技有限公司广州医科大学河南大学中国热带农业科学院江苏省人民医院中国医学科学院药用植物研究所山东大学西北工业大学华南理工大学桂林理工大学同宜医药(苏州)有限公司湖南大学西南大学福建医科大学湛江中心人民医院天津亿泰微科生物科技发展有限公司云南大学湖北大学河北中医学院西北农林科技大学武汉郎来科技发展有限公司厦门大学北京理工大学沈阳医学院上海璎黎药业有限公司仁和益康集团有限公司兰州大学天津大学华东师范大学江苏医药职业学院江苏中旗科技股份有限公司华南农业大学江南大学重庆理工大学南京正大天晴制药有限公司光明乳业股份有限公司合肥工业大学西北大学长沙理工大学山东省科学院生物研究所杭州禾泰健宇生物科技有限公司东华大学宁波大学哈尔滨师范大学溪砾科技(深圳)有限公司江苏亚盛医药开发有限公司安徽工业大学福州大学江西中医药大学恒心医疗科技(天津)有限公司中国科学院上海药物研究所山西大学华中农业大学廊坊师范学院重庆两江新区第一人民医院北京星奇原生物科技有限公司大理大学潍坊医学院齐鲁师范学院陕西中医药大学第二附属医院北京赛林泰医药技术有限公司河南科技大学首都医科大学浙江中医学药大学中国食品药品检定研究院南华大学附属第二医院大连工业大学天津市肿瘤医院天津科技大学中国科学院微生物研究所中国人民解放军总医院成都理工大学西南林业大学北京协和医院湖北省生物农药工程研究中心中科院植物生理生态所九江学院湖北中医药大学贵州中医药大学嘉兴和剂药业有限公司苏州百因诺生物科技有限公司河南农业大学南京师范大学河南中医药大学中国人民解放军第一医学中心南农高科技股份有限公司南方科技大学都柏林大学上海市第六人民医院南通聚太生物科技有限公司正大天晴药业集团股份有限公司安徽大学暨南大学广州中医药大学山东新时代药业有限公司上海爱科百发生物医药有限公司。

1、打开Terminal，输入以下命令，创建一个路径，并将路径添加到系统环境变量中。mkdir-ptmp/man1chmod777tmp/man1-RexportMANPATH=$HOME/tmp。

2、在上述目录中，创建一个testMan.1的文件，命令和内容如下：cdtmp/man1vimtestMan.1以下是testMan.1文件内容：."author:authorname.THtestMan1"2017-12-28""GNU""UserCommands" " testMan(1) UserCommands testMan(1)                         " GNU    2017-17-28 testManSHName                     " lefttestMan-testManusetodosomehing.SHSYNOPSIS.BtestMan.RB[fB-option1fR].RB[-option2].sp.SHDESCRIPTIONthisisatestmansample&..TP-a11111111111111111111111111111TP-n22222222222222222222222222222sp.sp.TP33333333333333333333333444。

3、给予testMan.1可执行权限，并备份它，接着再使用gzip命令生产gz文件，命令如下：chmoda+xtestMan.1cptestMan.1testMan.bakgziptestMan.1。

4、现在自己创建的man手册就制作好啦，输入以下命令即可获得testMan的帮助。mantestMan。

5、现在我们可以对比一下man手册定义文件testMan.1文件和后看到的man帮助之间的关系了，如下图，蓝色字为小编添加的注解，testMan.1文件与man帮助中相对应的部分用相同颜色的方格或线条标志出来了。朋友们可以根据这个图，制作自己的man手册。。

6、注意，请先将输入法切换成英文半角符号状态，再创建testMan.1文件。如果直接复制这篇经验步骤2的内容到testMan.1中，由于经验是在Windows电脑上写的，复制过去可能会产生格式的问题，可以在vim中输入以下命令切换成unix格式。:setff=unix。

1、命令的别名在Linux中Bash命令的别名其实类似与我们每个人的小名，小名和大名都是指你这个人。所以，别名主要是为了简化命令输入，提高输入效率等功能。。

2、alias命令可以查看到系统中已经生效的别名。

3、那平时使用中我们如何去设定别名呢？alias别名=‘原命令名’例如：将vi设置成vim的别名。aliasvi=‘vim’注意：这里设置的别名在系统重启之后就会恢复到系统默认设置无法再生效，需要重新设置才可使用。。

4、如何设置别名永久生效以及如何删除别名？vi~/.bashrc写入环境变量配置文件，每个用户下对应了一个操作环境的配置文件，这里修改保存后系统重启后别名依旧生效。。

5、unalias【别名】删除别名，如果只输入该命令是临时删除，环境变量配置文件里如果没有删除命令记录的话，系统重启后依旧会生效。若要永久删除，执行该命令后还要去环境变量配置文件里把该别名的命令行删掉。。

6、命令生效顺序：第一顺位执行路径或相对路径执行的命令。第二顺位执行别名。第三顺位执行Bash的内部命令。第四顺位执行按照$PATH环境变量定义的目录查找顺序找到的第一个命令。（外部命令主要依托于$PATH环境变量定义的目录来查找的）由此可见，别名的优先级是高于Bash和$PATH命令的。。

7、常用快捷键有哪些以及其功能作用，熟练使用快捷键可以大大提高我们的输入速度。。

1、关于举办“计算机辅助药物设计技术与应用实践”系列专题培训的通知各有关单位、近年来，利用高性能计算机来进行药物虚拟筛选已经被广泛应用，计算机辅助药物设计可以提高药物研发的成功率，降低研发成本，缩短研发周期，是目前创新药物研究的核心技术之一。

2、随着医药大数据的积累和人工智能技术的发展，运用AI技术并结合大数据的精准药物设计也不断推动着创新药物的发展。

3、在新型冠状病毒的调节方案中，通过一系列计算机辅助药物生物计算的方法发现一大类药物分子可以有效阻止新冠病毒的侵染，为调节新冠提供了新思路。

4、应新老客户的培训需求，北京软研国际信息技术研究院特举办“计算机辅助药物设计技术与应用实践”系列专题培训班，本次培训由互动派(北京)教育科技有限公司具体承办，具体相关事宜通知如下、培训目录、专题CADD蛋白结构分析、虚拟筛选、分子对接(蛋白-蛋白、蛋白-多肽)详情2022年06月24日-06月26日在线直播(授课3天)2022年07月01日-07月03日在线直播(授课3天)专题AMBER分子动力学能量优化与分析、结合自由能计算专题内容详情2022年07月02日-07月05日在线直播(授课4天)专题AIDD人工智能(浅层学习与深度学习)药物发现内容详情2022年06月24日-06月26日在线直播(授课3天)2022年07月02日-07月03日在线直播(授课2天)培训特色、本次系列课程共三个专题，均采用在线直播的形式，提供软件操作及算例教学无限次回放视频，建立永不解散的课程群，长期互动答疑，学员学完后可以继续与专业老师同学交流问题，巩固学习内容，从而更好地满足学员不同方面的论文及实际科研工作需求。

5、专题一课程带您一步步实操学习蛋白结构分析、同源建模、虚拟筛选、分子对接(半柔性、柔性对接、蛋白-蛋白、蛋白-多肽、金属酶蛋白-配体、核酸-小分子、共价对接等)、药效团模型、定量构效关系、碎片化药物设计、Gromacs分子动力学模拟与结果分析，并以实例讲解与练习为主，达到即学即用效果，帮助学员系统性掌握计算机辅助药物设计技术，助力学术研究。

6、专题二课程从AMBER的安装运行开始，深入研究对象模型的获取与构建、能量优化、分子动力学模拟、轨迹特征获取、基于能量的相互作用机理分析等知识点，并对经典文献进行复现。

7、专题三课程通过机器学习、深度学习的分类回归任务、分子特征、模型评估、参数优化与模型选择、浅层学习分类的虚拟筛选、集成机器学习方法使用、DNN，GCN，GAT等主流深度学习模型实操以及结合相关课题的应用实践等内容，带您真正的进入人工智能药物发现的领域。

8、培训大纲、系列课程CADD蛋白结构分析、虚拟筛选、分子对接(蛋白-蛋白、蛋白-多肽)时间课程名称课程内容第一天上午生物分子互作基础生物分子互作用研究方法1蛋白-小分子、蛋白-蛋白相互作用原理2分子对接研究生物分子相互作用3蛋白蛋白对接研究分子相互作用蛋白数据库PDB数据库介绍1PDB蛋白数据库功能2PDB蛋白数据可获取资源3PDB蛋白数据库对药物研发的重要性PDB数据库的使用1靶点蛋白结构类型、数据解读及下载2靶点蛋白结构序列下载3靶点蛋白背景分析4相关数据资源获取途径4批量下载蛋白晶体结构第一天下午蛋白结构分析Pymol软件介绍1软件安装及初始设置2基本知识介绍(如氢键等)Pymol软件使用1蛋白小分子相互作用图解2蛋白蛋白相互作用图解3蛋白及小分子表面图、静电势表示4蛋白及小分子结构叠加及比对5绘相互作用力6Pymol动画制作实例讲解与练习、(1)尼洛替尼与靶点的相互作用，列出相互作用的氨基酸，并导出结合模式图(2)制作结合口袋表面图(3)Bcr/Abl靶点的PDB结构叠合(4)制作蛋白相互作用动画(5)针对ACE2和新冠病毒Spike的蛋白晶体复合物，制作蛋白-蛋白相互作用第二天上午同源建模同源建模原理介绍1同源建模的功能及使用场景2同源建模的方法Swiss-Model同源建模。

9、1同源蛋白的搜索(blast等方法)2蛋白序列比对3蛋白模板选择4蛋白模型搭建5模型评价(蛋白拉曼图)6蛋白模型优化佳模型结果Spike、Model_03实例讲解与练习、用2019-nCoVspike蛋白序列建模，根据相应参数和方法评价模型第二天下午小分子构建ChemDraw软件介绍1小分子结构构建2小分子理化性质(如分子量、clogP等)计算实例讲解与练习、分别构建大环、氨基酸、DNA、RNA等分子小分子化合物库小分子数据库1DrugBank、ZINC、ChEMBL等数据库介绍及使用2天然产物、中药成分数据库介绍及使用第三天上午生物分子相互作用Ⅰ分子对接基础1分子对接原理及对接软件介绍分子对接软件(Autodock)使用1半柔性对接1小分子配体优化准备2蛋白受体优化及坐标文件准备3蛋白受体格点计算4半柔性对接计算2对接结果评价1晶体结构构象进行对比2能量角度评价对接结果3聚类分析评价对接结果4优结合构象的选择5已知活性化合物对接结果比较PDB1IEP实例讲解与练习、激酶Bcr/Abl靶点抑制剂的半柔性对接第三天下午生物分子相互作用II3柔性对接1小分子配体优化准备2蛋白受体优化及坐标文件准备3蛋白受体格点计算4柔性对接计算及结果评价6半柔性对接与柔性对接比较与选择实例讲解与练习、Bcr/Abl靶点抑制剂的柔性对接虚拟筛选分子对接用于虚拟筛选(Autodock)1虚拟筛选定义、流程构建及演示2靶点蛋白选择、化合物库获取3虚拟筛选4结果分析(打分值、能量及相互作用分析)实例讲解与练习、Bcr/Abl靶点抑制剂的虚拟筛选小分子格式转换openbabel的介绍和使用1openbabel软件介绍2小分子结构类型3小分子结构类型转换答疑针对前三天学习问题的答疑第四天上午拓展对接使用场景(上)蛋白-蛋白大分子对接1蛋白-蛋白对接的应用场景2相关程序的介绍3受体和配体蛋白前期优化准备4载入受体和配体分子5蛋白蛋白相互作用对接位点设定6蛋白蛋白对接结果分析与解读实例讲解与练习、新冠病毒Spike蛋白及宿主蛋白ACE2的对接蛋白-多肽对接1蛋白-多肽相互作用简介2蛋白-多肽分子预处理3蛋白-多肽分子对接4对接结果展示与分析实例讲解与练习、新冠靶点3CL与多肽/类多肽抑制剂的对接含金属离子的蛋白靶点与小分子对接1金属酶蛋白-配体的相互作用介绍2相关蛋白及配体分子的收集与预处理3金属离子的处理与准备4金属辅酶蛋白-配体的对接5对接结果展示与分析实例讲解与练习、基质金属蛋白酶MMP及其抑制剂对接第四天下午拓展对接使用场景(下)小分子与小分子对接1小分子-小分子相互作用简介2小分子结构预处理3小分子-小分子对接4对接结果展示与分析实例讲解与练习、环糊精与药物小分子的对接核酸-小分子对接1核酸-小分子的应用场景2核酸-小分子相互作用简介3核酸-小分子的预处理4核酸-小分子对接5相关结果的展示与分析实例讲解与练习、DNAG-四链体和配体分子对接共价对接1共价对接的原理及应用场景2蛋白和共价结合配体的预处理3药物分子与靶蛋白的共价对接6相关结果的展示与分析实例讲解与练习、激酶靶点EGFR抑制剂的共价对接第五天上午基于碎片药物设计基于碎片药物设计1基于碎片的药物设计与发现2基于碎片化合物库构建1骨架替换2碎片连接3碎片生长3基于药效团的化合物库生成4基于蛋白结合口袋的化合物库生成5基于分子描述符的化合物库生成6基于BREED规则的化合物库构建生成小配体碎片库7基于碎片的化合物库筛选实例讲解与练习、基于片段的Bcr/Abl靶点抑制剂优化与改造第五天下午构效关系分析3D-QSAR模型构建(Sybyl软件)1小分子构建2创建小分子数据库3小分子加电荷及能量优化4分子活性构象确定及叠合5创建3D-QSAR模型6CoMFA和CoMSIA模型构建7测试集验证模型8模型参数分析9模型等势图分析103D-QSAR模型指导药物设计实例讲解与练习、激酶靶点Bcr/Abl抑制剂的构效关系模型构建与活性预测第六天全天分子动力学模拟分子动力学简介(GROMACS软件)1分子动力学基本原理2Linux系统介绍3分子动力学软件介绍(Gromacs)Gromacs进行分子动力学模拟1配体分子的处理2蛋白结构的处理3修改蛋白坐标文件4修改拓扑文件5构建盒子并放入溶剂6平衡系统电荷7能量小化8NVT平衡9NPT平衡10产出动力学模拟分子动力学结果分析1轨迹文件观察2能量数据作图3轨迹修正处理4回旋半径分析5计算蛋白构象的RMSD变化6计算原子位置的RMSF变化7蛋白配体构象聚类8蛋白配体相互作用氢键分析9蛋白配体相互作用能分析实例讲解与练习、(1)水中的溶菌酶纯蛋白模拟(2)T4溶菌酶及配体复合物模拟答疑针对后三天学习问题的答疑系列课程AMBER分子动力学能量优化与分析、结合自由能计算专题第一天时间课时内容主要知识点AM00~50分子动力学入门理/论教学目标、了解本方向内容、理论基础、研究意义。

10、1分子力学简介1分子力学的基本假设2分子力学的主要形式2分子力场1分子力场的简介2分子力场的原理3分子力场的分类及应用AM00~50LINUX入门教学目标、掌握数值计算平台，熟悉计算机语言，能够使用vim编辑器简单编辑文件。

11、3LINUX简介1用户属组及权限2目录文件属性3LINUX基础命令4LINUX环境变量5shell常用命令练习AM00~00PM00~50AMBER简介及安装教学目标、了解Amber软件历史发展，熟悉安装环境，支撑环境编译。

12、4AMBER简介和安装1GCC简介及安装2OpenMPI简介及安装3AMBER安装运行4LIUUX操作练习PM00~50PM00~00第二天时间课时内容主要知识点AM00~50研究对象模型获取教学目标、如何确立研究对象，熟悉蛋白数据库的使用，如何对研究对象建模。

13、5模型文件的预处理1模型来源简介2蛋白文件简介AM00~50研究对象模型构建教学目标、熟悉模型预处理流程,掌握输入文件的编写，能够独立完成体系动力学之前的准备工作。

14、6模型文件的预处理1蛋白预处理2小分子预处理AM00~003AMBER力场简介4拓扑文件、坐标文件简介5top、crd文件的生成6tleap模块的使用案例实践、ØHIV-1复合物的预处理PM00~50分子动力学模拟教学目标、分子动力学流程，AMBER软件动力学原则，完成分子动力学模拟的操作练习。

15、7能量优化、分子动力学模拟1能量优化意义以及方法2模拟温度调节意义及方法3溶剂模型分类及选择4动力学模拟输入文件的编写5运行分子动力学模拟6输出内容解读7练习答疑案例实践、ØHIV-1复合体系能量优化、分子动力学模拟PM00~50AM00~00第三天时间课时内容主要知识点AM00~50结合自由能计算教学目标、熟悉结合自由能计算的意义、MMPBSA方法以及流程。

16、8焓变计算1实验数据分析及检索2MM/PBSA结合自由能计算原理3GB模型讲解及分类4焓变输入文件的编写5焓变结果解读AM00~509熵变计算1Nmode计算熵变原理2熵变输入文件的编写3熵变结果解读4实验值与理论值对照分析案例实践、ØHIV-1与抑制剂之间结合自由能计算AM00~00PM00~50可视化软件教学目标、熟悉可视化软件获取渠道、软件安装以及基本使用，采用可视化软件辅助科研工作。

17、103D可视化分析1VMD安装和使用2Pymol安装和使用PM00~50基于分子动力学的轨迹特征获取教学目标、从动力学模拟出的构象出发，洞悉构象转变，解释实验想象，预测实验结果11构象分析1RMSD分析2B-Factory分析3RMSF分析AM00~004RG分析5VMD动画展示6距离角度测量7溶剂可及表面积(SASA)第四天时间课时内容主要知识点AM00~50基于能量的相互作用机理分析教学目标、从能量角度出发，分析分子间、残基间、重要基团间相互作用机理，对实验提供理论指导12能量分析1残基分解(相互作用分析)2丙氨酸扫描(寻找热点残基)3氢键网络(盐桥，pi-pi共轭等其它相互作用)4练习答疑AM00~50AM00~00PM00~50经典工作复现教学目标、引导初学者了解本方向中经典工作，复现工作中重要分析手段，加深同学对本方向的理解。

18、13经典文献工作复现(请同学在课前自行下载仔细阅读)1Nanoscale2020,12,7134−71(a)RMSD和2D_RMSD检验模拟的稳定性(b)结合自由能的对比与分析(c)热力学积分计算相对结合自由能(d)氢键网络分析(e)残基分解预测热点氨基酸2J.Chem.Inf.Model.2021,61,7,3529–3542(a)丙氨酸扫面预测热点氨基酸(b)残基接触(contact)分析(c)温度因子分析(B-facter)分析(d)溶剂可及表面积分析(e)伞状采样动力学再现解离机制3练习答疑PM00~50PM00~00部分案例图示、系列课程人工智能(浅层学习与深度学习)辅助药物发现专题培训时间课程内容课程内容第一天上午计算机辅助药物分子设计计算机辅助药物设计(CADD)简介CADD的基本方法1分子对接2药效团3QSAR和QSPR4各类药学研究数据库的介绍第一天下午Anaconda3的安装配置Anaconda1Pandas2NumPy3RDKit4scikit-learn5Pytorch6Tensorflow7DeepChem8XGBoost第二天上午AIDD简介——分类和回归任务分类模型的构建与应用1逻辑回归算法原理2朴素贝叶斯算法原理3k近邻算法原理4支持向量机算法原理5随机森林算法原理6梯度提升算法原理分子特征介绍1分子描述符2分子指纹3分子图第二天下午基于浅层机器学习的药物发现(目标、引导学员自行实现基于其他三种算法如KNN，SVM，XGBoost的毒性预测模型，并用于小分子化合物的毒性预测)模型评估方法1交叉验证2外部验证3分类模型的常用评价指标4混淆矩阵5准确率6敏感性7特异性参数优化与模型选择1超参数优化2模型选择的标准模型实例讲解与练习(文献复现)、Ø给定数据集为例，基于随机森林算法的CYPs抑制剂相关毒性预测模型的构建与使用第三天上午基于浅层学习的药物发现——回归任务回归模型的构建与应用回归模型的常用评价指标1MSE2MAE3R模型选择1超参数优化2优模型选择第三天下午实战作用Ø给定数据集为例，基于随机森林算法的pIC50值预测模型构建与使用第四天基于深度学习的药物发现深度学习的发展历程1深度学习在药物开发中的应用2DNN3GCN4GAT5KGCN6FP-GNN深度神经网络的常用框架介绍1PyTorch2TensorFlowDEEPCHEM介绍与使用模型实例讲解与练习(文献复现)、ØDEEPCHEM集成的机器学习方法和加载使用第五天使用DNN，GCN，GAT等主流深度学习模型进行实操实例讲解与练习(文献复现)、Ø给定数据集为例，使用DNN，GCN，GAT等主流深度学习模型进行小分子抗乳腺活性预测Ø乳腺预测的基本思路，逻辑和课题设计基于图模型的F1分数(A)。

19、基于图模型的AUC结果(B)。

20、基于分子图的不同亚型细胞的优模型(C)培训讲师、CADD专题讲师、由全国重点大学、国家“双”、“211工程”重点建设医药类高校副教授，硕士生导师讲授。

21、发表SCI研究论文20余篇，主持和参与、省部级自然科学基金项目多项。

22、拥有多年新药分子设计和开发经验，主要擅长CADD、AIDD等药物设计方法研究。

23、AMBER专题讲师、山东省重点高校特聘教授、省优青团队人员，研究团队在《J.Am.Chem.Soc.》、《Phys.Chem.Chem.Phys.》、《Nanoscale》、《J.Chem.Phys.》等国际知名期刊发表SCI论文50余篇。

24、其中以第一作者发表的两篇JACS属于本领域TOP期刊(一区论文，IF、612)。

25、主持国家自然科学基金及省部级课题多项。

26、主要从事生物分子量化计算和分子动力学模拟研究，在动力学模拟、量化计算、结合自由能计算等积累了丰富的经验。

27、AIDD专题讲师、由全国重点大学、国家“双”、“211工程”重点建设高校副教授,硕士生导师主讲。

28、近五年发表代表性论文10余篇，专利8项，软件著作8项，主持和参与、省部级自然科学基金项目10余项。

29、拥有多年抗癌药物分子设计合成及活性研究经验，主要擅长生物信息学、人工智能(深度学习)与数据挖掘等药物设计方法研究。

30、报名费用、课程名称公费价(元)自费价(元)CADD专题56005200AMBER专题39003500AIDD专题56005200费用提供用于报销的正规机打发票及盖有公章的纸质通知文件。

31、如需开具会议费的单位请联系招生老师要会议邀请函。

32、增值服务、凡报名学员将获得本次培训书本教材以便提前预习及随堂电子资料。

33、提供无限次回放视频、凡报名学员课程结束后可获得所学专题课程软件操作回放视频。

34、价格优惠、(优惠活动终解释权归主办方)优惠本次系列所有专题课程2022年6月6日前缴费均可享受400元优惠。

35、优惠报名两个及以上专题课程可享受额外优惠(具体请咨询招生联系人)学员提出的各自遇到的问题在课程结束后可以长期得到老师的解答与指导。

36、参加培训并通过考试的学员，可以获得、北京软研国际信息技术研究院培训中心颁发的《计算机辅助药物设计应用工程师》专业技能结业证书。

37、联系方式、官方联系人、毕老师报名微信、ym219888报名QQ、2638209875官方座机、010-56245524官方网址、http、//srit.ac.cn(注)开课前一周会务组统一通知。

38、开课前一天会将直播链接及上机账号发至您微信。

39、课程问答、问题课程是否适合小白/零基础的学员？对于初学者，因缺乏对药物设计专业软件计算技巧的掌握与深入理解，导致无从下手。

40、本次计算机辅助药物设计系列专题课程从初学者角度出发，贴合实际项目需求。

41、多个专题分别使用不同的专业软件工具讲授药物分子和蛋白的设计以及相互作用等多项专业技术知识，分别为满足学生不同的学习需求，配置各个实用热门案例实操，让你从计算机辅助药物设计小白到跟紧时代热点能够上场做计算的学术弄潮儿。

42、问题通过计算机辅助药物设计系列培训班我能学到什么？CADD课程共计6天，采用“理论+实操”模式，详细讲授PDB数据库使用、蛋白结构分析、同源建模、Autodock分子对接、虚拟筛选、蛋白-蛋白相互作用预测、构效关系分析、基于碎片药物设计等专业技术，另有专业实践案例一步步操作。

43、AMBER分子动力学课程课程共计4天，采用“理论+实操”模式，详细讲授AMBER软件安装运行、模型构建及力场文件生成、能量优化、溶剂模型、MM/PBSA结合自由能计算、3D可视化分析、构象分析、能量及相互作用分析等专业技术，另配合专业案例及经典文章案例复现。

44、AIDD课程共计5天，采用“理论+实操”模式，详细讲授机器学习、深度学习在药物发现和开发中的实战作用，以案例介绍为主，讲述DEEPCHEM集成的机器学习方法和加载使用。

45、实例讲解给定数据集为例，使用DNN，GCN，GAT等主流深度学习模型进行预测研究。

46、问题培训时遇到疑问，怎么办？课程采用边讲边练边答疑的模式，实战跟着老师一步一步操作，过程中通过班级微信群实时跟踪操作结果，遇到问题及时反馈、当堂解决，让你实战不出错！本次课程采用在线直播的形式，学习方式灵活。

47、课前建立专门答疑的班级微信群，学员在课前、课间、课后皆可与主讲老师随时沟通解答。

48、老师帮你抽丝剥茧，和你一起打开计算机辅助药物分子设计、筛选及发现先导化合物的大门！问题如何报名、缴费？致电专门负责行政招生的老师报名，联系方式见本文件“第七条”。

49、填写下方附件报名回执表发送到专门负责行政招生工作的老师。

50、缴费支持公对公转账、个人垫付(对公到账及时退还垫付费用，可开具垫付证明)往期参加学员单位(排名不分先后)清华大学北京中医药大学北京航空航天大学中国医科大学附属盛京医院中国医学科学院生物医学工程研究所同济大学复旦大学上海科技大学中国医学科学院药物研究所北京双鹭药业股份有限公司上海交通大学上海理工大学华东理工大学北京超维知药科技有限公司上海市同仁医院同济医院南开大学中国农业大学上海如凌生物医药有限公司上海美司玛生物科技有限公司苏州大学石河子大学中国科学技术大学明度智云(浙江)科技有限公司上海市第一妇婴保健院中国药科大学武汉轻工大学中国中医科学院四川源康盛科技有限公司江苏赛孚士生物技术有限公司延安大学上海海洋大学上海医药工业研究院山东轩竹医药科技有限公司云南壹杭农业发展有限公司华中科技大学浙江中医药大学解放军防化学院中国人民解放军海军军医大学宁波三生生物科技股份有限公司陆军军医大学大连大学深圳先进技术研究院湖南医药学院江苏苏中药业研究院有限公司南京工业大学海南大学扬州大学医学院荆楚理工学院中国农业科学院蜜蜂研究所郑州大学中国海洋大学军事医学研究院宁波诺丁汉大学武汉市景肽生物科技有限公司广州医科大学河南大学中国热带农业科学院江苏省人民医院中国医学科学院药用植物研究所山东大学西北工业大学华南理工大学桂林理工大学同宜医药(苏州)有限公司湖南大学西南大学福建医科大学湛江中心人民医院天津亿泰微科生物科技发展有限公司云南大学湖北大学河北中医学院西北农林科技大学武汉郎来科技发展有限公司厦门大学北京理工大学沈阳医学院上海璎黎药业有限公司仁和益康集团有限公司兰州大学天津大学华东师范大学江苏医药职业学院江苏中旗科技股份有限公司华南农业大学江南大学重庆理工大学南京正大天晴制药有限公司光明乳业股份有限公司合肥工业大学西北大学长沙理工大学山东省科学院生物研究所杭州禾泰健宇生物科技有限公司东华大学宁波大学哈尔滨师范大学溪砾科技(深圳)有限公司江苏亚盛医药开发有限公司安徽工业大学福州大学江西中医药大学恒心医疗科技(天津)有限公司中国科学院上海药物研究所山西大学华中农业大学廊坊师范学院重庆两江新区第一人民医院北京星奇原生物科技有限公司大理大学潍坊医学院齐鲁师范学院陕西中医药大学第二附属医院北京赛林泰医药技术有限公司河南科技大学首都医科大学浙江中医学药大学中国食品药品检定研究院南华大学附属第二医院大连工业大学天津市肿瘤医院天津科技大学中国科学院微生物研究所中国人民解放军总医院成都理工大学西南林业大学北京协和医院湖北省生物农药工程研究中心中科院植物生理生态所九江学院湖北中医药大学贵州中医药大学嘉兴和剂药业有限公司苏州百因诺生物科技有限公司河南农业大学南京师范大学河南中医药大学中国人民解放军第一医学中心南农高科技股份有限公司南方科技大学都柏林大学上海市第六人民医院南通聚太生物科技有限公司正大天晴药业集团股份有限公司安徽大学暨南大学广州中医药大学山东新时代药业有限公司上海爱科百发生物医药有限公司。