SCI生信发文热点，影像组学案例分享。大家好，今天分享一篇22年1月发表的影像组学文章，影响因子8.786。作者利用TCGA转录组数据，预测免疫浸润、构建免疫评分模型。随后利用TCIA数据库，构建影像组学模型。发现，该模型能够有效预测免疫评分分组和患者预后。作者完全基于公开数据库，开发了一种基于非侵入性影像组学的免疫评分预测因子。作者从TCGA数据库收集了335例BRCA样本，其中120例样本又可从TCIA数据库，获取到MRI影像数据。另外作者还从TCIA的I-SPY1数据集，获取了155例样本作为独立验证集。作者首先基于转录组，通过CIBERSORT，计算22种免疫细胞浸润比例，并通过LASSO-Cox分析筛选获得7个预后相关的免疫细胞，用于计算免疫评分、训练集和验证集的ROC显示，免疫评分对1、3、5年生存率的预测准确性较高。接着作者基于ICC和RFE算法，筛选获得21个影像特征，并通过随机森林构建影像组学模型RIS，用于预测免疫评分高低得分组。训练集和验证集中结果显示，RIS的预测ROC均在0.8以上，说明RIS能够准确预测免疫评分。随后，作者依据RIS评分将患者划分为高低风险组，发现高低风险组间的OS和RFS存在显著差异。多因素Cox进一步证明RIS是OS和RFS的独立预后影响因素。今天的分享就到这里，感谢大家的观看，我们下期再见。

嗯，每天增加感染确证是总人口的500分之一，因为韩国是不强制隔离的，所以确诊数只能统计已上报的有症状并就医的。所以我不太能理解这个叫也群体免疫，照这个算法，中国一天要有300万确诊者就医，想想就不寒而栗。[抠鼻]

什么是可信计算？可信计算的概念可以追溯到1985年美国国防部公布的《可信计算机系统评估准则》(TCSEC)，第一次提出了可信计算机和可信计算基(TCB)的概念，并把TCB作为系统安全的基础。2003年，可信计算组织（TCG）提出新的可信定义：如果一个实体的行为总是以预期的方式，朝着预期的目标，则该实体是可信的。我国从自身国情和技术出发，提出了主动免疫可信计算的新计算模式，采用计算和防护并行的双体系结构，使计算结果总是符合预期，计算全程可测可控，不被干扰。1999年，Intel、HP、IBM和Microsoft等著名IT企业发起成立了可信计算平台联盟(TCPA)，其主要思想是通过在硬件平台上引入安全芯片架构，来提高终端系统的安全性，主要目标是解决系统和终端的完整性问题。2003年，TCPA改组为TCG，提出用实体行为的预期性来定义可信，即一个实体如果它的行为总是以预期的方式，达到预期的目标，则这个实体就是可信的。其基本思想是：首先在计算机系统中建立一个可信根，再建立一条可信链。从可信根开始到硬件平台、操作系统、应用，一级测量认证一级，一级信任一级，把这种信任扩展到整个计算机系统，从而整个计算机系统的可信。其中，可信根由可信度量根RTM、可信存储根RTS和可信报告根RTR三部分构成。RTM是一个能够可靠进行完整性度量的计算引擎，是信任传递链的起始点；RTS是一个能够可靠进行安全存储的计算引擎；RTR是一个能够可靠报告可信存储根所存储信息的计算引擎。可信根的可信性由物理安全、技术安全、管理安全共同。TCG制定了一系列的可信计算技术规范，如可信PC规范、可信平台模块(TPM)规范、可信软件栈(TSS)规范、可信网络连接(TNC)规范等。TCG于2003年开始制定TPM规范，2009年ISO/IEC接受TPM 1.2规范成为国际标准（ISO/IEC 11889-1～4:2009），2015年TCG又发布了TPM 2.0（ISO/IEC 11889-1～4:2015)。TPM 2.0与TPM 1.2并不兼容，与TPM 1.2相比，TPM 2.0有如下改进：①吸收了TPM 1.2和TCM的优点，在密码算法上更加灵活，TPM 2.0增加了对称密码算法的支持；②解决了不同国家的本地需求，保持较好的兼容性，如国内的TPM 2.0芯片可以支持SM2、SM3和SM4国密算法；③TPM 1.2实现为一个安全芯片，TPM 2.0规范主要提供一个参考以及可能实现的方式，并没有限制必须以安全芯片的形式存在。TPM作为可信根的主要缺点是：TPM被设计成一种被动部件，缺少对平台安全的主动控制作用；可信度量根RTM是一个软件模块，存储在TPM之外，容易受到恶意攻击。我国从自身国情和技术出发，网络安全专家沈昌祥院士提出主动免疫可信计算（也称可信计算3.0）的思想：主动免疫可信计算就是计算运算的同时进行安全防护，以密码为基因实施身份识别、状态度量、保密存储等功能，及时识别“自己”和“非己”成分，从而破坏与排斥进入机体的有害物质，相当于为网络信息系统培育了免疫能力。2006年我国进入制定可信计算规范和标准的阶段，在国家密码管理局的主持下制定了《可信计算平台密码技术方案》和《可信计算密码支撑平台功能与接口规范》。2007年在国家信息安全标准化委员会的主持下，北京工业大学可信计算实验室牵头，联合几十家单位，开始“可信平台控制模块”等四个主体标准和“可信计算体系结构”等四个配套标准的研究工作，构建了我国可信计算标准的体系框架.2014年4月16日，由中国工程院沈昌祥院士提议，中国电子信息产业集团、北京工业大学、中国电力科学研究院等60家单位发起的中关村可信计算产业联盟正式成立。目前，该联盟成员超过350家，涉及中国可信计算产业链的各个环节，覆盖了产学研用测各界，有力推动了可信计算的产业化。为进一步解决我国重要信息基础产品和系统缺失内生安全和主动免疫能力的问题，国家网络安全等级保护制度2.0与可信计算3.0攻关示范基地于2020年10月28日在北京工业大学揭牌成立，旨在组织国内产学研用各领域单位开展等级保护2.0和可信计算3.0联合攻关、适配测试和应用示范等工作，加速促进国家等级保护2.0制度的落地和推广。

《流浪地球2》的数字生命计划是否真的可行？在《流浪地球2》的副本作务当中，图恒宇让我们见识到父爱的伟大：为了让女儿完成理想意义上的复活，他不在意全人类的前途，故意让550C毁坏，以换取参与下一步研发的机会，更是可以献祭自己让女儿上传成功。感动之余，也让人发人深思，这种意义上的永生真的是生存的本质吗？意识的产生主要经历4个阶段：1、无机物的相互作用阶段，简单点来说便是化学反应，氢气与氧气结合产生水，铁暴露在空气中会生锈产生氧化铁，碳不完全燃烧生成一氧化碳，充分燃烧产生二气化碳......2、低级生物的刺激感应性，目的在于与外界产生能量与物质交换，比如向日葵的向光性，含羞草的应激闭合，梧桐树叶的四季变化......3、高级动物的感觉与心理，老虎饿了知道觅食，交配季节急哈哈的求偶；4、人的意识与思维，它即是主动劳动产生的成果，也是大自然选择的结果，就比如这次新冠一方面人类利用自己的智慧对病毒进行灭活，减毒等方法制作出疫苗，从而让自身产生免疫能力，另一方面毒性较强的变异病毒，通过死亡给予删除，留下毒性较低，身体可以接受的状态。从以上的演化不难发现，意识的产生是物质世界长期发展的产物，即便在电影中自主意识的产生也是基于硬件强大算法上的一种软件，要不然他也不会对550W垂涎欲滴。“数字生命计划”这种解决种族延续的方法也许从本质上就已经错了，他主张的是一种意识的存续，我们暂且不提意识的存在需要计算机这种硬件的支撑，太阳吞噬的可是整个太阳系，摧毁所有物质世界，铜、铁、金等无机物都不复存在了，意识还有存在的可能吗？后说一下成长！人的成长基于两套基因：即父母赋予的生理基因，以及我们自己与世界感知的社会基因，依赖计算机而生存的女儿肯定不具备第一套基因，那每二套基因她也具备吗？恐怕也不具备！母亲强势的，儿子多半怯弱；看鲁迅的书明白了什么是人心险恶；牛顿教会了我们什么是万有引力；韩信让我们知道了什么是斗米恩，升米仇......所有的这些人生经验均是自己与外界交互中产生的。而剧中算法的迭代，全是父亲根据自己的生活经验后的微调，确切的说女儿人格的形成全是父亲自己对于外部世界的真实反应，那我就要问了，你是真的让女儿复活了，还是克隆出了一个自己，只不过性别变了？

今天，我想讲一讲关于调节癌症患者的费用，以我的经历来讲。我的意愿是不要把人拿枪用自己还不知道，卖惨赚流量博取别人同情拿钱是缺德行为。我爸是胃癌，去年五月切除手术，总共住院21天，我爸做的是腹腔镜手术，手术比传统开刀手术费要高两万，只单单手术费要四万过一点，如果是胃癌切除，我知道的了解的三甲医院，我爸是甘肃省肿瘤医院做的，三甲医院，他们开刀手术我问过好几个病友，都在两万到三万之间，我爸总共费用八万多，按照城乡转市医保，下来花了不到四万块，费用清单不爆图，牵扯信息太多了。肠癌患者腹腔镜也是一样的。开刀在四万多一点不到五万。当然这是不包括外在费用，占大头的是自费白蛋白，我认识的庆阳的病友，输了十二天的白蛋白，完全自费，一天两瓶，一瓶500多一点，但毕竟这种情况很少见，我在肿瘤医院泡了一年半了快，只他一个，像这个费用，不用众筹自己完全可以解决，我们是定西通渭农村，家境不好，但我完全拒绝众筹，如水滴筹，他们找过我们好多回，包括我爸在内的我们都是拒绝的。再说胃癌的化疗，阿帕替尼加奥沙利铂，一个周期自费是5000不到，这个算法是奥沙利铂是纯进口第三个说，肝癌，肝癌比较棘手，调节方案也五花八门，现在贵的是免疫疗法，效果显著，就一代试剂,PD-1，在纳入医保的情况下，是少5万，常规调节，比如介入，也就小一万，我举个例子，去年十月份，我亲眼看到，没有纳入医保的，常规化疗结束后，输了一支5ml的液体，时间久了忘记了药名字，1.5万，我所见到的，癌症调节费钱的是肝癌第四个说说乳腺癌，我们村，她是比我爸早四年患乳腺癌的，当时是领了一档低保加贫困户，至于报销比例我现在没弄明白，因为她后来因为农村干重活又复发了，我们有时候化疗去年基本在一起，我通过化疗药物推测应该是腺癌，因为用的是奥沙利铂＋阿帕替尼的调节方案，他们在兰大二院化疗一个周期是900块不到，乳腺癌这一块我只能说这么多我今天要说这些，是我刷到一个骨癌患者，后来又说是他是团队制作的，为了赚钱，骨癌我没有认识的病友，我没有数据，但你以癌症患者确实像肝癌这种对于农民来讲的天文数字而言，捐款是很大的一部分医疗费用支出，也是挽救生命的希望，我们不能因为某些人监督不到位导致我们正真需要帮办的人得不到帮助，我再说我爸癌症，我有一份对于兰州而言不错的收入，我跟我妹收入也持平，我们不需要社会救助，我爸癌症治不好跟捐钱没什么关系，跟社会进去，科技进步有这直接关系，我们国家要发达兴盛，要求强，我希望把科研人员的经费多多提高，我没什么怨言，人生就这样，我爸在我结婚前心梗，在我得子后癌症，但我一直反对也一直唾弃为了钱而弄钱的卑鄙小人

在生物信息学算法上，准确识别肿瘤细胞的突变是重中之重，如何大限度地排除假阳性、假阴性变异位点对TMB计算的干扰依然是关键。此外，NGS panel还需要大量的数据进行算法训练从而建立适用于本panel的变异位点筛选模型。对于区分高、低TMB的cut-off值，专家共识指出，各免疫调节药物应根据各自临床研究数据确定cut-off值，并进行前瞻性验证[10]。其次，TMB与其他的生物学特征组合成为联合标记物有可能成为TMB研究的新思路。Liu L [11]等人收集了约500例经ICI调节的泛癌受试者样本，经生物信息学分析得到了TMB与CNA（Copy Number Alteration，拷贝数改变），随后分成了高TMB高CNA（TMBHighCNAHigh），高TMB低CNA（TMBHighCNALow），低TMB高CNA（TMBLowCNAHigh），低TMB低CNA（TMBLowCNALow）四组。他们发现，在使用CTLA-4抑制剂调节的皮肤黑色素瘤受试者中，TMBHighCNALow 组的生存期（OS）和客观缓解率（ORR）显著高于TMBLowCNALow，TMBHighCNAHigh，TMBLowCNAHigh组(OS：not reached vs.13.99 vs. 14.6 vs. 10.43 months，P=0.003，图2；ORR：75% vs. 32.4% vs. 39.7% vs. 18.9% ，P<0.001，图3)。#免疫算法简介#

一个人的抗体能够不再感染的水平，大概在三个月到6个月，这是国际医学界的共识，并不单单是中国的认识，无论你信与不信，事实就摆在那里，荷兰就是一个所谓的全民免疫国家，但他们实行全因免疫之后的第5个月，又来了新一波疫情，但每个人到底什么时候抗体水平降低到可以被感染的程度是不同的，同时一个人感染以后，6个月内是不能打疫苗的，有下一波疫情很正常。我国大概是12月5号到12月10号开始全面开放的，也是在这个区间范围内开始规模化感染的，按照这种算法，早的免疫人群大概在3月10号开始，会有人群抗体下降到被感染的程度。但你需要注意的问题是，这可能是一个城市中的小规模人群。一个感染者和一个没有被感染的人在一个城市中相遇，产生交集的概率并不是你想的那么高，如果能度过10天左右，那么他也就度过了这场疫情，他们要感染其他感染者这些人必须是从来没被感染的人，或者是抗体减弱的，能够被感染的程度。实际上新冠已经变得季节化了，比如北方地区的9月和南方地区的10月，冠状病毒在这几个月内的动向是需要注意的，这里不单单指新冠，无论我们这时候的抗体水平有多高，这几个月还是需要注意的，但是谈到高峰这个词汇无法预测，因为它很可能是分批感染。比如恰好有那么10天的范围内，有一群人刚好在这个范围内，抗体能够降低到被感染的水平，并且在它的周围有传染源，这个概率你们想一想有多大？我们举一个简单的例子，比如一个地区有疫情，但他只占人群的10%。但这个地区的90%的人抗体能达到能够不再感染的水平。那么这个城市的疫情就会进一步压缩的一个小疫情，并且10天之内如果不扩散，该地区的疫情就会趋于平稳，原因是新冠病毒是一个自限性疾病，10天左右的时间里。体内的病毒结果是，宿主死了或者是痊愈了，但无论是哪一种，都失去了传染的能力。我们只需记住这样一句话就行了，新冠病毒与人类长期共存下去，我们只能学会面对，有疫情是必然结果，但只要我们勇敢面对？又有多少关系呢？毕竟人的生活要继续。中国没有什么可特殊的，日本有八轮的疫情，多国也有多轮的疫情，只有印度之类不报道，不统计啥疫情也没有。我觉得对于新冠来说，我们要相信科学技术人员，在不久的将来，一定能够把死亡率降得更低，而现在它是一个乙类乙管的病毒，有疫情的时候尽量保护好自己，不感染，平常心对待就行了。