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励志句子

评论 2023-08-10 16:47:04 浏览

一、project2010使用教程

1、首先我们在网上下载project20因为project2010是付费使用的，所以我们可以先使用试用版，试用版期限是30天。首先我们来创建一个项目，然后使用project2010来进行管理。我们可以创建空白项目，也可以使用以往的模板创建，还可以使用网络上的模板进行创建。如下图。。

2、如果我们选择使用模板创建，可以使用以前的模板，一般工作中，我们经常将常用工作项目保存为模板供以后使用，这里我们先使用网上下载的使用。待规划好了以后再保存为模板。这里我选择软件开发计划。如果你是其他业务内容，按照需要进行选择即可。。

3、使用模板创建后，就会出现一个已经计划好了的项目，我们可以在上面进行修改，以适应我们自己的需求。。

4、接着我们创建一个空白项目，讲解相关流程使用方式。这里我们首先要有项目计划的意识，那就是一个项目是需要计划任务，工时，人员的，我们要做的就是对这些元素进行合理地分配。首先，我们创建一个任务，如下图。。

5、我们可以看到表格上面，目前的图表形式是甘特图，这个是很有名的项目管理图表。大家可以自己在网上了解。这里我们按上图填写表格内容。双击单元格，就会出现上述界面的了。然后我们按照项目需求进行填写，譬如，任务名称是我们每天或者每月，即一个时间段内所要执行的任务，自己定义一个名字即可，告诉自己要做什么事情，什么时候开始及结束。。

6、当我们填写前置任务的时候，第一个任务是没有前置任务的，这个很好理解的，只有第二个任务以后才有前置任务，因为前置任务就是你先要完成什么任务，才能进行这一个任务。。

7、接着我们看高级里面有个里程碑，这个很重要的，一般项目管理，都会在某段时间要求执行人员提交一个完成的任务作为这个阶段的成果。所以这个需要重视的。如下图。。

8、然后就是这里有个资源，资源可以是人员，也可以是其他工具等资源，这里我们填写为工作人员。如下图。。

9、如果你需要以其他图表查看目前的项目进度，我们还可以选择其他图表类型，如下图。。

10、在资源菜单栏，我们选中详细信息的时候，就可以看到目前项目具体的进度和人员分配状况了，以便于我们把控项目进度。。

11、如果我们的项目人员有变动，那么可以使用调配资源功能菜单进行人员及资源的调配。如下图。我们还可以在视图菜单里面，点击资源工作表，详细的对目前资源的成本和工时进行查看计算，以便于计算项目的效率情况。。

12、如果你是团队项目，那么我们可以自己搭建服务器，并在project2010上面进行团队任务管理，如下图。。

二、Harvard FAS Informatics出品的ATAC-seq测序指南

1、github链接、harvardinformatics/ATAC-seq参考文献、ATAC-seq、AMethodforAssayingChromatinAccessibilityGenome-Wide推荐使用bowtie2进行序列比对(alignment)。

2、常用的参数有以下几个、默认输出格式问SAM文件，包含了每个序列的比对信息。

3、SAM文件可以压缩为BAM文件，并使用SAMtools进蚂碧行排序。

4、佳的分析流程为、ATAC-seq数据一般含有相当比例的线粒体DNA，详见该讨论。

5、可以使用CRISPR技术去除线粒体基因组污染。

6、也可以参考近发表的Omni-ATAC方法用去污剂去除线粒体DNA，这种方法对于多数研究人员可能更易于操作，但是不要按照他们的分析流程来分析数据。

7、不管使用何种实验方启毁案，得到的测序数据中多多少少都会有线粒体DNA。

8、因为线粒体基因组中没有ATAC-seq感兴趣的峰，这些数据会使后续分析变得复杂，因此，推荐在下一步分析之前去除线粒体DNA序列。

9、可以通过下面两种方法中任一种实现、PCR重复序列是完全一致的reads。

10、二代测序得到的短序列中，有一些序列会匹配到基因组的多个区域。

11、一些学者在分析数据时会通过samtoolsview中的-q参数将这些非特异性的序列去除。

12、对于这种非特异性的序列，bowtie2或bwa只会报告一个比对的结果，同时会给一个低匹配质量的(mappingquality,MAPQ)评分，匹配质量定义为、-10*log10Pr{mappingpositioniswrong}。

13、可以通过下面命令来去除MAPQLoadfromFile选项上传。

14、如果要对BAM文件可视化，需要用samtools对BAM文件进行排序并构建索引。

15、可以使用BEDTools来比较一组peak文件的异同。

16、例如、bedtoolsintersect可以比较两个peak文件中相同的峰。

17、寻找两个峰文件中差异的峰，如实验组和对照组，可以通过bedtoolssubtract命令实现。

18、ChIPseeker早是用于注释ChIP-seq数据的，但是也适用于ATAC-seq数据的注释。

19、ChIPseeker可以对基因的位置和其他特征进行注释，详细使用方法见ChIPseeker的使用指南。

20、HOMER可用于寻找motif。

21、可以将peak文件作为HOMER文件的输入，来检测已知的motif和新的motif。

22、AndrewsS.(2010).FastQC、aqualitycontroltoolforhighthroughputsequencedata.Availableonlineat、http、//www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqcBuenrostroJD,GiresiPG,ZabaLC,ChangHY,GreenleafWJ.Transpositionofnativechromatinforfastandsensitiveepigenomicprofilingofopenchromatin,DNA-bindingproteinsandnucleosomeposition.NatMethods.2013Dec101213-BuenrostroJD,WuB,ChangHY,GreenleafWJ.ATAC-seq、AMethodforAssayingChromatinAccessibilityGenome-Wide.CurrProtocMolBiol.2015Jan5101-CorcesMR,TrevinoAE,HamiltonEG,GreensidePG,Sinnott-ArmstrongNA,VesunaS,SatpathyAT,RubinAJ,MontineKS,WuB,KathiriaA,ChoSW,MumbachMR,CarterAC,KasowskiM,OrloffLA,RiscaVI,KundajeA,KhavariPA,MontineTJ,GreenleafWJ,ChangHY.AnimprovedATAC-seqprotocolreducesbackgroundandenablesinterrogationoffrozentissues.NatMethods.2017Oct14959-9HeinzS,BennerC,SpannN,BertolinoE,LinYC,LasloP,ChengJX,MurreC,SinghH,GlassCK.Simplecombinationsoflineage-determiningtranscriptionfactorsprimecis-regulatoryelementsrequiredformacrophageandBcellidentities.MolCell.2010May2838576-LangmeadB,SalzbergSL.Fastgapped-readalignmentwithBowtieNatMethods.2012Mar49357-LiH,HandsakerB,WysokerA,FennellT,RuanJ,HomerN,MarthG,AbecasisG,DurbinR1000GenomeProjectDataProcessingSubgroup.TheSequenceAlignment/MapformatandSAMtools.Bioinformatics.2009Aug15252078-MartinM.Cutadaptremovesadaptersequencesfromhigh-throughputsequencingreads.EMBnet.journal.201110-MontefioriL,HernandezL,ZhangZ,GiladY,OberC,CrawfordG,NobregaM,JoSakabeN.ReducingmitochondrialreadsinATAC-sequsingCRISPR/CasSciRep.2017May26724QuinlanAR.BEDTools、TheSwiss-ArmyToolforGenomeFeatureAnalysis.CurrProtocBioinformatics.2014Sep81-YuG,WangLG,HeQY.ChIPseeker、anR/BioconductorpackageforChIPpeakannotation,comparisonandvisualization.Bioinformatics.2015Jul15312382-。

三、project 2010中如何取消按开始时间排序